学院是由原呼伦贝尔蒙医学校、原呼伦贝尔市民族艺术学校、原呼伦贝尔工业学校、原内蒙古大兴安岭卫生学校四所中等职业学校进行整合组建而成。2008年7月17日经内蒙古自治区教育厅批准开始筹建。2009年9月26日，内蒙古自治区教育厅批准正式成立呼伦贝尔职业技术学院，报教育部备案。2010年9月招收首届大专生并正式运行。2015年4月3日，经呼伦贝尔市政府市长办公会议决定，原呼伦贝尔职业技术学校并入学院。
| 类别 | 专业 |
|---|---|
| 音乐与舞蹈学类(本) | 舞蹈表演 |
| 煤炭类(专) | 煤炭深加工与利用 |
| 建设工程管理类(专) | 工程造价 |
| 自动化类(专) | 机电一体化技术 电气自动化技术 |
| 汽车制造类(专) | 汽车检测与维修技术 |
| 化工技术类(专) | 应用化工技术 |
| 药品制造类(专) | 药品生产技术 |
| 道路运输类(专) | 道路桥梁工程技术 |
《高等职业教育创新发展行动计划（2015?2018 年）》项目认定骨干专业：护理、蒙医学
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