南方医科大学属于国内排名比较靠前的医学院校，综合实力处于国内中上游水平，比很多985、211院校还要强。2017年第四轮学科评估，B+档的学科有3个，分别是基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合；B档的学科有4个，分别是生物医学工程、临床医学、药学、护理学；C-档的学科有2个，分别是中药学、口腔医学。
南方医科大学是广东省高水平大学重点建设高校中唯一的医学院校，也是全国首批、广东省唯一一所"部委省"共建高校，全国首批开设八年制本硕博连读临床医学专业的8所高校之一，全国首批卓越医生教育培养计划试点高校。
根据双一流大学建设名单可知，南方医科大学没有入选世界一流大学建设高校名单，也没有入选世界一流学科建设高校名单，所以南方医科大学不是双一流大学。
| 序号 | 学校名称 | 双一流学科建设名单 | 备注 |
| 1 | 中山大学 | 哲学、数学、化学、生物学、生态学、材料科学与工程、电子科学与技术、基础医学、临床医学、药学、工商管理 | 世界一流大学A类 |
| 2 | 华南理工大学 | 化学、材料科学与工程、轻工技术与工程、农学 | 世界一流大学A类 |
| 3 | 华南师范大学 | 物理学 | 世界一流学科建设 |
| 4 | 暨南大学 | 药学（自定） | 世界一流学科建设 |
| 5 | 广州中医药大学 | 中医学 | 世界一流学科建设 |
| 序号 | 学校名称 | 一级学科名称 | 评选结果 |
| 1 | 南方医科大学 | 基础医学 | B+ |
| 2 | 南方医科大学 | 公共卫生与预防医学 | B+ |
| 3 | 南方医科大学 | 中西医结合 | B+ |
| 4 | 南方医科大学 | 生物医学工程 | B |
| 5 | 南方医科大学 | 临床医学 | B |
| 6 | 南方医科大学 | 药学 | B |
| 7 | 南方医科大学 | 护理学 | B |
| 8 | 南方医科大学 | 口腔医学 | C- |
| 9 | 南方医科大学 | 中药学 | C- |
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